BI2BT5-Introduction to Bioinformatics & Computational Biology

模块供应商: School of Biological Sciences
学分数： 10 [5 ECTS credits]
水平:5
教学用语： 春天 term module
先决条件:
模块化的必备条件:
相关内容:
模块被排除在外:
目前从: 2021/2

模块召集人: 利亚姆·麦高芬教授
电子邮件: l.j.mcguffin@reading.ac.uk

模块类型：

概述模块描述：

生物信息学是现代生物学的重要组成部分。 本模块将为学生介绍生物信息学和计算生物学的关键概念，针对二年级或三年级的学生。 The knowledge and core bioinformatics techniques that are taught will help to equip students with the vital computational and programming skills that are required for successful careers in many fields of modern biology. 该模块没有任何先决条件，它将使用实际的例子来展示生物信息学的力量，以加强各个层面的生物科学NBA投注[手机]俱乐部研究； 从分子和细胞生物学到动物学和生态学。

目的:
本模块的目的是为二年级或三年级的学生介绍生物信息学和计算生物学的关键概念，这将使他们具备在现代生物学许多领域成功职业所需的核心生物信息学技能。 该模块将没有任何先决条件，并将使用实际的例子来展示生物信息学在加强整个生物科学NBA投注[手机]俱乐部研究方面的力量； 从生态学、动物学到生物化学、生物医学和药学。

可评估的学习成果：
学生将能够：
􀀕 Evaluate when and where computational methods should be used in biology and know how they can be applied to make predictions, formulate new hypotheses and suggest new experiments
􀀕 Compare, contrast and evaluate the current publicly available bioinformatics tools, web apps and databases and deploy them to make useful predictions about sequences with unknown structures and functions
􀀕 Understand the structure of simple Python programs, describe the al gorithms they encode and predict the output
􀀕 Identify and fix bugs in simple Python programs
􀀕 Construct a simple Python program which incorporates the following concepts: file I/O, control structures, regular expressions, hashes/arrays
􀀕 Compare sequences and use/develop simple programs to visualise evolutionary relationships between organisms (e.g. using phylogenetic trees)
􀀕 Develop and code simple algorithms using Python to investigate a biological problem

额外的结果:
该模块提供了一系列额外的结果，包括：1。 1 .加强教研协同效应（Reading􀀒s学与教加强重点之一）。 提高毕业生的就业能力——这是一个前沿话题，可转移的技能受到行业的高度重视。 提高学生在期末项目中的表现——所学技能将作为期末项目的补充，为传统的实验室NBA投注[手机]俱乐部研究提供另一种选择，该模块将增加非实验室项目对更广泛学生的吸引力。

大纲内容:
10场关于生物信息学在生物科学各个领域NBA投注[手机]俱乐部研究中的理论和实际应用的讲座，涵盖的主题包括：生物信息学的历史和生物数据的增长； 序列比对方法和工具； 服务器、数据库和web应用程序； 生态学中的计算生物学； 从序列预测蛋白质（和核酸）的结构、功能和相互作用的方法； 用计算方法来理解进化； 􀀑omics technologies, da ta management and predictive tools; 计算生物学中的模拟； 使用分子动力学模拟； 使用数学模型。

10个编程讲座，涵盖的主题包括：Python编程语言介绍； 变量、常量和字符串、控制结构、文件输入/输出； 列表/散列/关联数组; 正则表达式; 子程序和调试。

10 practical sessions on programming and the application of web apps and onli ne databases.

教学方法简述：
计算生物学是一个10学分的模块，有35-40课时。 10学时介绍计算生物学的理论、应用和方法。 10个小时将用于介绍编程主题，随后是10个一到两个小时的实践课程，使用生物学相关的例子应用编程方法。

联系时间:

	秋天	春天	夏天
讲座		20
实践课程和工作坊		20
引导自主学习：		60
按学期划分的总学时		100
模块总学时	100

总结性考核方法：

方法	百分比
报告	40
论文以外的项目成果	50
设置运动	10

总结性评核-考试：
没有考试

总结性评估-课程作业和课堂测试：
报告 (extended essay) - 40%
Project (programming) - 50%
Open book quizzes on Blackboard to accompany practical sessions in PC labs and to be completed within the week - 10% (1% per practical session)

形成性评价方法：
形成性评估将包括在讲座期间定期举行的互动测验问题和/或讨论，这将有助于加强和回顾所提出的关键点。 测验和讨论将有助于提高学生的学习成绩，同时也被用来监督小组的进度和对模块材料的理解。

逾期提交的处罚：

支助中心将对逾期提交的工作实行下列处罚：

• 在原定截止日期（或任何正式同意的延期截止日期）之后提交的作业：截止日期后的每个工作日（或其中的一部分）将从该作业的总分数中扣除10%的分数，最多可达五个工作日；
• 如果作品在原始截止日期（或任何正式同意的截止日期延长）后超过五个工作日提交：将记录零分。

The University policy statement on penalties for late submission can be found at: /web/FILES/qualitysupport/penaltiesforlatesubmission.pdf
You are strongly advised to ensure that coursework is submitted by the relevant deadline. 您应该注意，建议在未完成状态下提交作业，而不是没有提交任何作业。

通过考试的评估要求：
总体得分为40%。

重新安排:
8月/ 9月考试。

额外费用（适用时指定）：

1) Required text books:  None

2) Specialist equipment or materials:  None

3) Specialist clothing, footwear or headgear:  None

4) Printing and binding:  None

5) Computers and devices with a particular specification:  None

6) Travel, accommodation and subsistence:  None

最后更新: 2021年6月28日