生物信息学与计算生物学

模块代码: BI2BCB2

模块供应商: 生物科学学院

学分: 20

水平: 5

当你被教导： 学期2

模块召集人: Liam McGuffin教授，电子邮件：l.j.mcguffin@reading.ac.uk

模块co-convenor: 安德鲁·米德博士，邮箱：a.meade@reading.ac.uk

必须的模块(s):

Co-requisite模块(s):

先决条件或辅助条件模块：

模块(s)排除:

位置信息: NA

学年: 2024/5

访问学生： 是的

塔利班书单： 是的

最后更新: 2025年2月12日

概述

模块目标和目的

生物信息学是现代生物学的重要组成部分。 本模块将向您介绍生物信息学和计算生物学的关键概念。 所教授的知识和核心生物信息学技术将帮助您掌握现代生物学许多领域成功职业所需的重要编程和计算技能。 从基础开始，它还将涵盖算法的基础知识，包括机器学习，如人工神经网络和遗传算法，以及基于代理的系统，这些系统允许在生物信息学背景下利用计算机智能的力量。 该模块将使用实际的例子来展示生物信息学在加强各个层面的生物科学NBA投注[手机]俱乐部研究方面的力量； 从生态学、动物学到生物化学、生物医学和药学。 

模块学习成果

本单元结束时，学生将能够： 

1. 识别生物信息学和计算生物学中使用的算法和智能系统的类型，并评估它们如何应用于现实世界的生物问题。 
2. 比较、对比和评估目前公开可用的生物信息学工具、网络应用程序和数据库，并利用它们对具有未知结构和功能的序列做出有用的预测。 
3. 用Python设计简单的算法来NBA投注[手机]俱乐部研究一个生物学问题。 
4. 描述简单程序的结构，它们编码的算法和预测它们的输出。

模块内容

讲座将涵盖生物信息学在生物科学各个领域的理论和实际应用，包括生物信息学的历史和生物数据的增长等主题； 序列比对方法和工具； 服务器、数据库和web应用程序； 生态学中的计算生物学； 从序列预测蛋白质（和核酸）的结构、功能和相互作用的方法； 用计算方法来理解进化； 组学技术、数据管理和预测工具； 计算生物学中的模拟； 使用数学模型。 

讲座还将涵盖算法主题，例如人工神经网络架构，以及受自然进化启发的算法，例如遗传算法和进化规划。 

学生将学习编程，例如Python编程语言的介绍； 变量、常量和字符串、控制结构、文件输入/输出； 列出子程序和调试。 

实践课程将包括编程和网络应用程序的应用以及在线数据库的使用。 

结构

教学方法

学习成果将通过讲座、实践课程/研讨会（使用生物学相关的例子应用编程方法）、自主学习和定向独立学习来实现。 适当的补充资料和阅读书目将在黑板上提供。 

学习时间

At least 30 hours of scheduled teaching and learning activities will be delivered in person, with the remaining hours for scheduled and self-scheduled teaching and learning activities delivered either in person or online. 在课程开始前，您将收到有关这些课时如何交付的进一步详细信息。

请注意 以上独立学习时数为名义学时； 每个学生都会以不同的方式学习。 我们建议你反思一下你的学习和你分配给这些任务的时间。

学期1 本栏目的工作时间可能包括圣诞假期期间的工作时间。

学期2 本栏目的工作时间可能包括复活节假期期间的工作时间。

夏天 本专栏中的时间将在暑假期间进行，可能在模块的开始和/或结束。

评估

通行证的要求

学生需要达到整个模块的40%的分数才能通过这个模块。

总结性评估

迟交总结性评估的处罚

支助中心将对逾期提交的工作实行下列处罚：

分数评估

• 在原定截止日期（或任何正式同意的延期截止日期）之后提交的作业：截止日期后的每个工作日（或其中的一部分），将从该作业的总分数中扣除10%的分数，最多不超过三个工作日；
• 扣分不得低于及格分数线，即4-6级模块（即第1-3部分的本科模块）的分数为40%，而作为综合硕士或nba投注型nba投注学位课程的第7级模块的分数为50%；
• 如果在处罚之前，该作品的评分低于合格分值，并在原截止日期（或正式同意的任何延期截止日期）后三个工作日内提交，则不受处罚；
• 如果在原定截止日期（或任何正式同意的延长截止日期）后超过三个工作日提交的作品：将记录零分。

评估被标记为及格/不及格

• 在截止日期（或任何正式同意的延期截止日期）后三个工作日内提交的作品：不受处罚；
• 在原定截止日期（或任何正式同意的延长截止日期）后超过三个工作日提交的作业：将被评为不及格。

大学有关迟交资料的处罚政策声明载于： /cqsd/-/media/project/functions/cqsd/documents/qap/penaltiesforlatesubmission.pdf

我们强烈建议您确保在相关截止日期之前提交课程作业。 您应该注意，建议在未完成状态下提交作业，而不是没有提交任何作业。

形成性评价

形成性评估是为你的学习提供反馈（或前馈）的任何任务或活动，但它不会影响你的整体模块分数。

形成性评估将包括在讲座期间和/或之后定期举行的互动测验问题和/或讨论，这将有助于加强和回顾提出的要点。 测验和讨论将有助于提高学生的素养，并将用于监督小组进展和对模块材料的理解。 

重新评估

额外的成本